Assim que mata o leão de Neméia, Héracles leva sua pele ao rei Euristeu. Porém o rei, covarde como era, recusa-se a ver o herói e devolve a pele do animal, deixando-a para Héracles.
Hera aparece mais uma vez nos sonhos do rei, e diz à ele que mande o herói matar a Hidra de Lerna, um monstro que já há algum tempo estava atormentando a região de, as vezes representado com sete ou nove cabeças.
O filho de Zeus pega seu sobrinho Iolau, e juntos rumam ao covil do monstro, irmão do leão de Neméia e vários outros monstros filhos de Tifão e Equidna. Armado com sua clava, espada e arco, junto à pele do leão, vestida por ele, parte para a procura da Hidra. Seu sobrinho pede para também ir, ao passo que o tio nega, dizendo que a condição imposta por Euristeu era a de que o herói realizasse os trabalhos sozinho.
Ao descobrir onde a Hidra escondia-se, Héracles encontrava-se em outro dilema: o de como trazê-lá até ele, pois o monstro estava submerso, apenas esperando alguma criatura descuidada passar ao seu lado. Héracles ateia fogo aos galhos secos ao seu redor, e também à ponta de suas flechas. Após isso, lança algumas em direção do monstro, o qual levanta-se da água, ferido. Vendo-se encurralada, ela segue para a única saída que havia: a que Héracles estava.
A hidra começa a atacá-lo, porém suas presas de nada valiam contra a pele de seu finado irmão. Ao passo que o monstro tenta matá-lo, o herói começa a cortar suas cabeças, mas para sua surpresa, quanto mais cabeças caíam atingidas por sua espada, mais cabeças haviam a cair.
Enquanto procurava um meio de ganhar a luta com o monstro, o herói sentira um beliscão no pé. Inicialmente preocupado que fosse o veneno da Hidra o agente causador da dor em seu pé, Héracles vê, momentos antes de perfurá-lo com sua espada, que a dor causada era devido à um beliscão de um caranguejo gigante enviado por Hera para ajudar a hidra. Após isso, Hera coloca o caranguejo nos céus, criando a constelação de Câncer, a qual deu origem ao signo.
Com essa ação de Hera, Héracles estava aberto a também pedir ajuda. Iolau rapidamente prontifica-se a ajudar o tio. Pensando rapidamente, o herói manda que o sobrinho, usando um pedaço de ferro incandescente, queimasse os tocos nos pescoços do monstro gerados por sua espada. Assim que a ação inicia, o êxito começa a aparecer: as cabeças não mais regeneravam-se. Restando apenas a cabeça imortal, Héracles desfere um grande golpe de espada nele, caindo o corpo do monstro no chão, sem vida. Com a cabeça ainda rosnando para eles, sobrinho e tio jogam-na no pântano, em uma cova feita por eles, a qual depois foi coberta por diversas pedras.
Além da pele do leão de Neméia, agora o herói possuía outra arma contra os próximos desafios: as flechas que ele mergulhara no veneno da hidra de Lerna, as quais ajudariam o herói futuramente.
Quando volta com as cabeças da hidra para o palácio, Euristeu, em sua covardia, esconde-se novamente e manda que o herói removesse-as do salão e que enterrasse-as longe de lá. Assim, mais uma das tarefas de Héracles fora concluída com êxito.